新疆与苏联毗邻，新疆问题一向与苏联有千丝万缕的关系，三区起事也有明显的苏联背景。因此，处理新疆问题，很大程度上就是处理对苏的关系问题。国民党既不能容忍新疆动乱，威胁后方稳定，又不能轻易实行武力镇压，以免得罪苏联，影响大局。正所谓投鼠忌器，左右为难。权衡利弊之后，9月11日蒋介石决定对新疆的方针为“只可暂时忍受，不能立即作积极之抵抗”，“对新疆政治与宗族之改革，则作积极之准备”。9月13日，军事委员会政治部部长张治中衔命飞往新疆，了解当地情况，并与吴忠信等探讨解决新疆问题的办法。经过一番调查研究，张治中认为：新疆与内地路途遥远，增兵不易，补给困难，不能动武；新疆与苏联有历史渊源，关系密切，不能反苏，因此只能用和平的方法解决问题，否则迪化一失，则局势全非，今后即使能恢复，亦须费极大力量与极长时间。他的意见得到蒋介石的重视与认可，蒋授权他全权处理新疆问题。