《明儒学案》当黄宗羲在世时，已有刻本流传，为世人所重。此书不载李贽，亦可谓大醇小疵。
黄宗羲在撰述《明儒学案》后，于晚年着手著《宋儒学案》、《元儒学案》，“以志七百年来儒苑门户”[21]，未及成编而卒。临终前，命其子黄百家继续纂辑。黄百家在其父已撰成17卷的基础上，增撰了十几个学案，未能续成父业而卒。此后，此书的纂辑由全祖望继承下来。
全祖望（1705—1755）是浙江鄞县人，字绍衣，号谢山，自署鲒埼亭长、双韭山民，学者称他谢山先生。全祖望年轻时以才识见称，宦途受挫后即以讲学、著述为业。他推重黄宗羲的学术，自称是黄门私淑弟子，决心完成黄氏父子未竟之业。全祖望自乾隆十年（1745）起，续撰《宋元学案》，经历10年工夫，包括对黄氏父子旧稿的订补和他的续作，共得86卷，完成了全书的绝大部分。这距全祖望手订《序录》所包含的百卷之数，尚缺14卷，他也未能终编而辞世。道光十八年（1838），王梓材、冯云濠以黄氏后人所编次的86卷及全祖望旧稿，据《序录》的宗旨、规模，整理补充，乃成百卷之数。《宋元学案》从黄宗羲创始，经过几代人的纂辑，历时近一个半世纪，终于撰成，这在中国史学史上是一件值得称道和纪念的事情。