拥有天才身份的同时，穆勒还是个情种，他与后来成为其妻子的泰兰夫人相识在1830年，当时穆勒25岁，泰兰夫人23岁，但是直到二十多年后，泰兰的丈夫去世，他才与她结婚，成为终身伴侣。二十年来，穆勒一直过的是柏拉图式的恋爱生活，他对泰兰夫人倾注了他全部的爱慕之情，却没有丝毫越轨行为。
按照他自己的说法，他与泰兰夫人相识不久，就觉得她是最值得钦慕的一个—不仅美丽、敏慧，有突出的自然风度，更有坚强而深邃的感情，她不断地自求完善，在思想与才智方面的发展甚至超过了诗人雪莱。
泰兰夫人去世后，穆勒就在她的墓地旁购置了一所茅屋。在生活方面，他完全遵循她的宗旨，竭力按照她的思想规定自己的生活。可以说：她对他的赞许是对他的一种标准，他对她的纪念也是他的一种信仰……
在近代教育方面，穆勒深信逻辑这门科学是最容易训练人成为一个具有正确思维的思想家的。他年轻时最爱读贝克莱和休谟的论文，加上孔德和他父亲的影响，使得他的哲学思想基本上继承了英国经验论哲学的传统。