西方传教士为传播西洋天主教来到中国。对这一点,康熙皇帝当然十分清楚。但他要吸收的西方文化却不包括宗教。西方传教士千方百计地向康熙皇帝进讲天主教教理,“其不如东风过耳者几希”。他对臣民说,天主教与中国教化“原不相容”“唯西教士能通晓科学,故国家起用彼等”。由于利玛窦的规矩,天主教与中国传统文化、习俗没有发生冲突,康熙皇帝承认传教士有信仰宗教的自由,出巡时曾亲临教堂赏赐。康熙八年(1669),公布天主教禁令,禁止其在各省建立天主教堂和传教。处理历法之争时,他曾下谕旨:“其天主教,除南怀仁等照常自行外,恐直隶各省复立堂入教,仍着严行晓谕严止”。那时,康熙皇帝禁止中国人信天主教。直到康熙三十一年(1692),他经过多年观察,觉得天主教对中国并无危害,才允许中国人信天主教。他下令不许拆毁天主教堂,与佛教等一视同仁。康熙四十四年
(1705),罗马教皇十一世派遣使者多罗至中国,干涉天主教中国教民尊孔祭祖,把中国习俗视为异端,干涉中国内政。这样就同中国传统文化、习俗发生冲突,并干扰清朝的正常统治秩序。康熙皇帝为此谕多罗:近日西洋来人很杂,“如今尔来之际”,“将定例先明白晓谕,命后来之人谨守法度,不能少违方好。以后,自西洋来者,再不回去的人许他内地居住。若今年来明年去的人,不可叫他许住。此等人,譬如立于大门之前,论人屋内之事,众人何以服之,况且多事”。立这个规矩本身,就是对多罗的批评和限制,多罗于次年离京。