在一些基础工作完成之后，改革开始自上而下，从后方到前方启动。
之前联军中各个文明的军队是向各自所属文明的军部负责，联军指挥部只是一个协调制定战略的部门，权力很小，现在则需要集中权力，对所有事务进行统一管理，指挥部的重要性瞬间提升，内部人员的安置和权力的划分成为关键性的问题，同时还要避免这个机构拥兵自重，威胁到共同体的和平，所以人员的任命和权力的制衡问题耗费了改革人员的大量心神。
在指挥部的重新组建过程中，普通士兵没有得到任何的消息，正常的军事行动还要保持平稳有序的开展，不得不说艾瑞文明共同体还是很让人佩服的。
普通士兵不清楚，但钟煌知道，在指挥部的重新组建过程中，暗中死亡了超过二十名高级军官，还有超过一百名高级军官退出了权力中枢，一方面是权力斗争的结果，另一方面，各个文明也在主动借助这个机会清扫不顾大局的人。
