咸丰十一年(1861)九月三十日，慈禧垂帘听政控制了中央政权以后，她不顾别人反对，对曾国藩等更是优礼有加，信任空前。十月十八日，命曾国藩统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务，巡抚、提督以下各官悉归节制。浙江提督以下归左宗棠调遣。曾国藩递上《力辞节制浙省各官折》,请以左宗棠专办浙江事务，他不能遥制浙军。十二月，她又以沈葆桢为江西巡抚，左宗棠为浙江巡抚，李续宜为安徽巡抚，严树森为湖北巡抚。同治元年(1862)正月初一日，提升曾国藩为协办大学士。正月初四日，以曾国荃为浙江按察使，蒋益澧为浙江布政使，陈士杰为江苏按察使。曾国藩之羽翼已大为丰满。曾国藩感恩图报，认为“朝廷清明，三奸破碎，自是中兴气象”。同时，请慈禧在攻克金陵之前， “不再加恩臣家，庶可以保全功名，永承圣眷”。还说他屡奉保荐督抚之旨，但他认为他“即有征伐之权，不当更分黜陟之柄……所以预防外重内轻之渐，兼杜植私树党之端，庶几纪纲弥肃，朝廷愈尊矣”。曾国藩派曾国荃率湘军东下，直攻天京，派李鸿章率淮军至上海，逼苏州，派左宗棠率老湘营至浙江，逼杭州，遂使太平天国处于多方受敌的被动局面。