教会中学和教会大学是民国时期英美基督教会和天主教会在华推行教会教育的重点。他们在这方面办得较有成绩，其教育质量在众多的私立学校中也属上乘。其中著名的教会中学有：美国长老会传教士狄考文夫妇创办的山东登州文会馆，美国监理会传教士林乐知创办的上海中西书院、中西女中，美国公理会女传教士以利莎创办的北京贝满女子中学，美国美以美会传教士麦利和提议创办的福州鹤龄英华书院，美国天主教本笃会创办的辅仁附中等。
早期教会高等学校的教育目的主要是为了培养教会所急需的牧师和教长等高级布道人员，也便利于教徒及神职人员的子女求学深造。但到了20世纪初，其教育目的逐步转为培养一批直接或间接为帝国主义政治服务的高级官员和社会领袖。这样，在19世纪末到20世纪初，在上海、北京、南京、武汉、广州等地涌现了一大批教会高等学校。如新教教会创办的有：圣约翰大学、东吴大学、上海浸会大学（后改名为沪江大学）、金陵大学、华南女子大学（后改为华南女子文理学院）、华西协合大学、之江大学（后改为之江文理学院）、福建协和大学、金陵女子大学（后改为金陵女子文理学院）、岭南大学、齐鲁大学、燕京大学和华中大学等。天主教教会创办的有：震旦大学、辅仁大学、天津工商大学（先后改为工商学院和津沽大学）等。它们有的单独由一个教派设立，有的为几个教派合办；有的由过去的书院发展而来，有的由几个高等学校合并而成。这些学校在创办之初，学生很少，到20世纪30年代有的学校学生竟发展到1000多人，并且女生所占比重很大。起初学校的校长都由外国传教士担任，教师开始多为外籍，后来华籍教员日渐增多，并成为教学骨干。这些学校凭借较雄厚的经费、丰富的图书仪器、较新的教学方法，大都办出了各自的特色。