1561年，将近两万的倭寇焚掠浙江台州。戚继光率领大军在台州附近和倭寇一连打了一个多月的仗，在当地人民的协助下，使侵犯台州的倭寇遭到歼灭性的打击。
台州大捷后，戚继光升任都指挥使，负起更大的海防责任。他又增募义乌民兵三千人，使“戚家军”的精锐部队增加到六千人。
1562年，倭寇又大举侵入福建，到处烧杀抢掠。戚继光奉命率领精兵从浙江到福建，他身先士卒，到福建第一仗就收复了被倭寇侵占达三年之久的横屿。接着，他乘胜进军，攻克了牛田、兴化（今莆田市），捣毁了倭寇的巢穴，取得了很大的胜利。援闽的战斗告一段落，戚继光班师回浙江。
戚继光离开福建不久，又新来了大批倭寇，抢掠福建沿海各县，攻占了兴化城、平海卫（在莆田）等地。明政府命令俞大猷担任总兵官，戚继光为副总兵官，让他们两人火速开往前线。
嘉靖四十二年（1563），戚继光从浙江率领新补充的“戚家军”一万多人，赶到福建和俞大猷会师，把敌人打得大败，收复了平海卫和兴化城。戚继光因功升为总兵官。1564年，“戚家军”又大败倭寇于仙游城下，给被围五十天的仙游城解了围。残余的倭寇纷纷逃跑，福建的倭寇全被驱逐。1565年至1566年，戚继光又配合俞大猷肃清了广东的倭寇。东南沿海的倭患至此完全解除。